惑星艾亚尔――
　　已经失去了曾经足以跨越银河那强盛的科学力的人类,在这颗星球上迎来了文明的黄昏。
在覆盖了行星全土的战乱的最后,濒死的人类将全部的军力托付给了被称为「乙HiME」的少女们。身为王侯贵族们代行者的她们维持了秩序,艾亚尔沉浸在一时的和平之中。
　　憧憬着乙HiME的少女――希芙璐。突然,魔之手袭击了在无依无靠的同时也仍坚强生存着的她。
　　谜之组织「西巴鲁兹」们拐走了希芙璐。在危急时刻,将她救出的是黑衣绅士布鲁斯,和他的女仆蕾娜。
　　希芙璐决定与布鲁斯一起前往温特布鲁姆。但是她并不知道。自己的出生,与其自身所隐藏着的力量――
　　为了寻求这种力量,而引发的阴谋、组织、还有国家。
　　当希芙璐的眼泪飞散之时,传说中的乙HiME「蕾娜·赛亚兹」飞舞天空！
　　由希芙璐、蕾娜、还有众多乙HiME们所编写的全新「乙HiME」们的故事。
　　命运之轮、现在、开始转动――！
　　在最后的总力战中幸免于难的人类,将过去穿越星辰、改造行星的多数技术封印,将世界托付于成为主宰者的王侯贵族们以及与他们共享生命的,有着超常能力的少女们”乙HiME”。虽然经历几度战乱,许多乙HiME以及王失去了性命,但是在这个时代，人们已将决定性的破灭留在了彼岸。
　　在横断大陆的铁道上,１４岁的少女希芙璐正被抓住她的西巴鲁兹移送别处。而故事就从谜之青年布鲁斯与乙HiME们将希芙璐救出时开始。少女希芙璐之谜。拥有乙HiME力量却将其拒绝的蕾娜。加尔德罗贝之谜。五柱的背叛。纠结的故事即将开始,然后「舞-乙ＨｉＭＥ」之谜也即将被解明。